5月19日菲律賓交通部透露，可能資助棉蘭老島鐵路項目的全部工程。據《菲律賓商報》20日報道，菲交通部負責人在記者會上說，目前進行的多機構及政府部門會議，正在評估是否利用的官方發展援助，為棉蘭老島鐵路的第一期工程提供資金。官方發展援助是政府的援助，一種貸款或補助金，為的是促進發展家的經濟發展。
棉蘭老島鐵路項目第一期工程總長為100多公里，連接菲律賓北達沃省塔古姆市、達沃市和南達沃省迪戈斯市。預料車程時間將從3.5小時縮短為1.3小時，項目預計2021年完工。該工程的成本約360億菲律賓比索(約合44億元人民幣)，最初的計劃是由政府撥款。美國有線電視新聞網(CNN)20日援引菲交通部的話說，如果為整個項目提供資金可能會更好。菲交通部稱，因為已經表達有意為棉蘭老島鐵路的未來工程提供資金，人們擔心，如果第一期工程并非由實施，將來可能很難爭取到對棉蘭老島鐵路項目其他工程的支持。
菲律賓交通部19日強調，這一期的工程在“正軌上”，目標是在2021年完成。菲交通部鐵路副部長巴丹當天反駁了有關項目被故意延期的指責。菲律賓《每日問詢者報》20日報道，巴丹在聲明中表示，他的手下、助理副部長托倫蒂諾發表虛假、誤導性和沒有依據的言論，在交通部長和駐菲律賓大使會面之前，他沒有資格表態。
5月18日，托倫蒂諾召開新聞發布會稱，他懷疑某些比他級別高的官員，企圖讓特定企業奪得該計劃的招標。他說，因為這些人想通過棉蘭老島鐵路項目達到借款目的，而實際上該項目已經有360億比索預算。他還聲稱，如果使用外國貸款，會拖延項目的進程，光是完成相關文案工作就需要兩年的時間，并且會對外國承包商更有利。菲律賓交通部隨即表示，托倫蒂諾的新聞發布會是未經授權的，因為他沒有獲得來自交通部長的許可。巴丹5月19日澄清說，棉蘭老島鐵路項目位于島上的鐵路就有1500公里長，是項巨大工程，“我們不能在項目建設上鼠目寸光，靠傳播謠言、嘩眾取寵和惡意中傷是完不成的”。巴丹表示不會讓棉蘭老島鐵路項目“脫軌”。
菲律賓《每日問詢者報》報道說，棉蘭老島鐵路項目從1992年就開始設想，但直到杜特爾特上任后，該項目才正式啟動。CNN稱，杜特爾特2016年競選總統期間曾表示，他將優先處理棉蘭老島鐵路項目。他說，如果菲律賓能夠與達成一項協議，該項目便將是可行的。他愿意在南海爭端上“閉嘴”，如果能夠幫他在南部建設一條鐵路。
